クローン病が発症する原因については、食事の中の何らかの成分が腸管粘膜に異常な反応をひきおこしているという説、結核菌類似の細菌や麻疹ウイルスによる感染で発症するという説、遺伝的な要因が関与するという説、腸管の微小な血管の血流障害によるという説などの様々な説が挙げられているのですが、いずれの説も現在のところは証明されていません。
また最近の精力的な研究により、異物を処理する細胞やある種のリンパ球などの免疫を担当する細胞の反応異常が明らかになってきています。これによって何らかの外来の抗原の侵入と、これに対する免疫系の反応異常が想定されているのです。
クローン病の治療として、経腸成分栄養や中心静脈栄養の有効性が報告されているのですが、普通食にもどすと再燃する恐れがあります。これは病因および増悪因子に、食餌抗原などの腸管内の抗原の関与を裏付けるものとして考えられています。また国内でのクローン病患者の増加は、食生活の変化が関連していると考えられていて、食事が腸内細菌に変化をもたらして、これが間接的に病因に関与しているのではないかと言われています。
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